Natural da freguesia da Sé, Maria Clotilde Faria Fernandes era filha de Tadeu António de Faria e Maria Vieira Máxima de Faria. Casou a 15 de fevereiro de 1840 na Sé do Porto com Francisco António Fernandes, então morador na Rua de Santo Elói, que veio a falecer em 1880.
Camilo Castelo Branco, no seu livro "Narcóticos", refere- se a Francisco Fernandes destacando-o como homem de cultura e por ter sido um livreiro reconhecido na cidade do Porto.
Nesta obra, o insigne escritor refere que Fernando Palha adquiriu a "...selecta livraria antiga de Francisco António Fernandes, um ilustrado comerciante mal prosperado mercantil ao afecto aos livros, e expiou em relativa pobreza a consolação de os ler e possuir. Este honesto cidadão formou duas livrarias. A primeira entregou-a aos credores quando faliu. Depois, trabalhou muito. Era guarda-livros, fazia escriturações, leccionava ciências comerciais, exportava peúgas, algodões e outras espécies para o Brasil, traduzia romances moralistas do francês, o filósofo nas águas furtadas, etc., vivia na mais restrita, mas decente parcimónia; - não frequentava teatros, botequins, passeios, nada. Granjeou nova livraria e, à volta dos setenta anos morreu...".
No seu testamento, Maria Clotilde contemplou várias instituições da cidade do Porto. No que respeita à Santa Casa da Misericórdia do Porto deixou um prédio na Rua da Picaria, freguesia da Vitória, com os números 103-105, e um terreno que possuía na Rua de D. Carlos I. Por sua vez, a Misericórdia ficou obrigada a dar as seguintes mensalidades: sete mil e quinhentos réis, a Margarida de Jesus, criada da benfeitora; três mil réis, a Ana Maria da Silva, residente na rua do Almada; três mil réis, a Maria Delfina Soares Loureiro, sua afilhada. A Ermelinda de Figueiredo, sobrinha do marido, deixou o usufruto de 40 ações do Banco Comercial do Porto.
Nomeou para testamenteiros em primeiro lugar João António de Faria, seu primo, em segundo, António Moreira Cabral, e, em terceiro, Eduardo da Cunha Rego.
Em 29 de dezembro de 1899 receberam-se 4:000$000 réis das ações do Banco Comercial do Porto. Em 11 de dezembro de 1902 foram desamortizados o prédio, por 3:100$000 réis, e o terreno; por 996$000 réis.
Maria Clotilde faleceu a 8 de abril de 1898 na casa n.º 103 da Rua da Picaria, tendo sido sepultada no cemitério de Agramonte.
O retrato de Maria Clotilde Fernandes e Família, exposto na Sala dos Benfeitores do Museu, é um óleo sobre tela pintado por João de Almeida Santos em 1850. Nele, além da benfeitora, estão representados o seu marido e a sobrinha. Enquadrados num ambiente romântico, os retratados encontram-se sentados num sofá. As senhoras apresentam-se ao gosto francês, com vestidos de corpo cingido e saias de seda, cetins e rendas. Francisco Fernandes surge de casaca, camisa engomada e, na sua mão direita, segura um livro.
