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Filho de Manuel José Pereira da Costa, negociante, natural da freguesia de Santa Cristina de Serzedelo, do concelho de Guimarães, e de D. Maria Pereira Cardoso, natural da freguesia de São Nicolau, do concelho do Porto, o Doutor José Pereira da Costa Cardoso nasceu na cidade do Porto em seis de outubro de 1831. 

Casou com D. Emília Rosa Cabral, da qual teve uma única filha que recebeu o mesmo nome da mãe, mas que veio a falecer com 16 anos de idade vitimada pela tuberculose. Saliente-se que no seu testamento instituiu a sua esposa por sua universal herdeira, com a obrigação de cumprir vários legados, sendo o primeiro perpetuar a memória da filha "(...) beneficiando um dos Estabelecimentos de caridade existentes n'esta cidade, ou auxiliando a creação d'um Estabelecimento novo (...)".

Em 1886, José Pereira da Costa Cardoso e sua mulher doaram à Santa Casa da Misericórdia do Porto 12.000$000 reis (doze contos de reis), "Para estabelecer no hospital geral de Santo Antonio uma enfermaria para o tratamento de 16 raparigas de costumes irreprehensiveis, que sofram de molestia pulmonar (...)", assim se pode ler no Relatório da Mesa Administrativa de 1885/86. Este Relatório mais nos informa que "Foi escolhido o dia 11 de fevereiro, anniversario do seu finamento [Emília, filha do casal], para a inauguração da enfermaria, que tomou o nome da infeliz donzela.".

José Pereira da Costa Cardoso estudou no Liceu Nacional do Porto, na Academia Politécnica do Porto e, depois, na Universidade de Coimbra onde frequentou as Faculdades de Matemática e Filosofia tendo-se formado em 1855 e, dois anos mais tarde, doutorado em matemática. Nesta última instituição, foi, entre 1855 e 1861, ajudante do Observatório Astronómico e lente de matemática, durante a década de sessenta. A partir de 1864 passou a lecionar na Academia Politécnica do Porto, primeiramente a disciplina de matemática e, depois, as disciplinas de geometria analítica, de trigonometria esférica e de álgebra superior. Jubilou-se no ano letivo de 1882-1883.

Foi autor de várias obras, como "Theses ex adplicata mathesi?" (1857), e colaborador em periódicos científicos, como "O Instituto. Jornal Scientifico e litterario de Coimbra".

Além da sua atividade académica, José Pereira da Costa Cardoso foi ainda comissário dos Estudos do Distrito do Porto, diretor da Companhia de Fiação de Negrelos e da Companhia Geral da Agricultura das Vinhas do Alto Douro.

Faleceu a 22 de fevereiro de 1886 na sua casa sita na rua do Príncipe (atual Rua de Miguel Bombarda), localizada na freguesia de Cedofeita, tendo sido sepultado no Cemitério Ocidental (Cemitério de Agramonte), na Secção Privativa da Ordem do Carmo. O seu corpo encontra-se depositado num jazigo-capela que fora mandado construir pela sua mulher D. Emília Rosa Cabral. O projeto deste jazigo é de António Almeida da Costa e a sua concretização contou com a colaboração dos Teixeira Lopes (pai e filho).

O retrato de José Pereira da Costa Cardoso é um óleo sobre tela, de autoria desconhecida e dos finais do século XIX, que se encontra exposto na sala dedicada à História e Ação da Misericórdia do Porto, na área dedicada ao Hospital de Santo António.

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José Pereira da Costa Cardoso 

Autor desconhecido, finais do século XIX

Óleo sobre tela