D. Pedro foi eleito provedor da Santa Casa da Misericórdia do Porto a 2 de julho de 1833, dia em que, por tradição, os provedores tomavam posse na instituição e se assinalava o Dia da Visitação de Nossa Senhora a sua prima Santa Isabel.
No ano de 1833, a população da cidade do Porto sofria as consequências do Cerco do Porto, traduzidas na destruição, na fome e na morte. A acrescer a tudo isto, assistiu-se à introdução no mesmo ano da cholera morbus, que se disseminou por toda a cidade e vitimou muitas pessoas. Esta epidemia levou à construção de dois cemitérios, nos extremos opostos da cidade, de acordo com a aprovação de D. Pedro. É no cemitério oriental, designado "Cemitério Prado do Repouso", que a Misericórdia do Porto tem a sua secção privativa na qual se ergue, entre outros monumentos funerários, o Mausoléu dos Mártires da Liberdade que alberga os restos mortais dos doze homens liberais sentenciados pelo regime miguelista, na Praça Nova, em 1829.
A Misericórdia do Porto estava com falta de irmãos, visto que uns se encontravam ausentes e outros em armas. Esta necessidade levou a Irmandade, a 30 de junho de 1833, a aceitar pessoas influentes da cidade que não fossem irmãos. Dado que por alvará de 1 de julho de 1833 pertencia ao poder régio ratificar alterações ao Compromisso, D. Pedro aprovou a referida alteração que, de resto, validou a sua eleição como provedor, mesmo não sendo irmão da Misericórdia.
A tomada de posse de D. Pedro ocorreu dias depois, a 6 de julho, no Hospital de Santo António para onde a secretaria e a Casa do Despacho da Rua das Flores se haviam transferido devido a razões de segurança. Esta data corresponde à única vez em que o regente presidiu a uma sessão da Mesa, pois, a 26 de julho, partiu para a capital não tendo mais regressado à Misericórdia. Nesta única sessão, D. Pedro, sensibilizado pelas dificuldades económicas da Misericórdia, propôs que se convidassem para confrades pessoas com posses na cidade e também, devido ao aumento do número de doentes do hospital, se dotasse o estabelecimento com uma nova "pauta de Dietas económicas, e adequadas ao novo methodo do curativo". Esta pauta foi apresentada à Mesa, a 14 de agosto de 1833, tendo sido elaborada por uma Comissão presidida pelo médico do príncipe regente e constituída por dois médicos da sua confiança, por dois médicos do Hospital, pelo da Cadeia e pelo do Recolhimento de Órfãs.
Na ausência do provedor, coube ao escrivão desempenhar esse cargo. Atendendo a que aproximavam as eleições do ano económico de 1834-1835 e que se desconhecia a vontade de D. Pedro quanto ao desejo da sua reeleição, a Mesa resolveu propor-lhe o título de "provedor nato", sendo nomeado um vice-provedor em sua substituição. Esta situação, caso único na história da instituição, vigorou até 6 de abril de 1836.
Na sequência da morte de D. Pedro, ocorrida a 24 de setembro de 1834, a Mesa Administrativa da Misericórdia do Porto resolveu, em sessão de 26 de junho de 1835, fazer um retrato de corpo inteiro do príncipe regente. Coube ao pintor José Alves Ferreira Lima a sua concretização, em 1836. Trata-se de um retrato de corpo inteiro do monarca, que integra a coleção de pintura de retratos régios.
